Το Εργαστήριο Ελληνικής Μουσικής (ΕΕΜ) του Τμήματος Μουσικών Σπουδών του Ιονίου Πανεπιστημίου ιδρύθηκε το 2000 και θεσμοθετήθηκε με το ΠΔ 185/03. Στόχος του είναι η υποστήριξη της έρευνας, εκπαίδευσης και καλλιτεχνικής δραστηριότητας γύρω από την ελληνική μουσική όλων των περιόδων, με έμφαση στα λόγια είδη. Το ΕΕΜ λειτουργεί μέσα από βασική έρευνα, αρχειοθέτηση, συλλογή βιβλιογραφίας και ηχογραφήσεων, διοργάνωση συνεδρίων, εκδόσεις, δισκογραφήσεις και συναυλίες. Έχει υποστηρίξει 24 διδακτορικές διατριβές, ολοκληρώσει ερευνητικά προγράμματα όπως το ΕΠΕΑΕΚ «Ηράκλειτος» και έργα του Ιδρύματος της Βουλής, ενώ έχει εκδώσει μουσικολογικά βιβλία και περιοδικά, όπως τον "Μουσικό Ελληνομνήμον" και τον "Νέο Μουσικό Ελληνομνήμον". Επιπλέον, έχει συμμετάσχει σε δισκογραφικές παραγωγές, οργανώσει συνέδρια, εκδώσει τη σειρά «Μνημεία Νεοελληνικής Μουσικής» και επιμεληθεί μουσικές παραστάσεις, όπως την όπερα «Ο Υποψήφιος» και την οπερέτα «Μυριέλλα». Το ΕΕΜ συνεργάζεται επίσης με πολλούς φορείς στην Κέρκυρα και πανελλαδικά.